نوترکیبی بین دوکروموزوم جنسی درطول تکامل تا حد زیادی مهار شده است و مهمترین دلیل ممانعت از جابه جایی ژن های مختص به بیضه از کروموزم تعیین کنندۀ جنسیت به همولوگ خود می باشد. لذا منطقۀ بزرگی از کروموزوم تعیین کنندۀ جنسیت از لحاظ نوترکیبی مهار شده است. در صورت وجود نوترکیبی (همان طور که در بسیاری از افراد با اختلالات کروموزوم های جنسی مشاهده می شود) کروموزوم y بوجود می آید که ژن های مربوط به تولید نرمال اسپرم آن به همتای دیگر این کروموزم انتقال یافته یا کروموزم x بوجود می آید که دارای ژنهای مختص به مردان است که تنها باید در بافت بیضه در زمان تولید اسپرم بیان شوند. در طول میلیون ها سال کروموزوم تعیین کنندۀ جنسیت به نحوی تغییر یافته که نوترکیبی درکل منطقۀ اطراف ژن تعیین جنسیت یا همان فاکتور تعیین جنسیت مهار شده است و ژنهای دیگر مختص به مردان در اطراف این ژن تجمع یافته اند. در نتیجۀ چنین فرایندی حدود 95 درصد از این کروموزوم دیگر قادر به نوترکیبی با همتای خود نمی باشد.
