فیثاغورث در جزیرهٔ ساموس، نزدیک کرانه‌های ایونی، زاده شد. او در عهد قبل از ارشمیدس می‌زیست.

در جوانی به سفرهای زیادی رفت و این امکان را پیدا کرد تا با افکار مصریان باستان، بابلیان و مغانیان آشنا شود. تقریباً، ۲۲ سال در سرزمین‌های خارج از یونان بود و چون پولوکراتوس (شاه یونان) برای او نزد فرعون مصر سفارش کرده بود به آمازیس رفته و توانست به سادگی به رازهای کاهنان مصری دست یابد. سال‌ها در مصر ساکن بود و در خدمت کاهنان و روحانیان مصری به شاگردی پرداخت و علوم مختلف آموخت. سپس از آنجا روانه بابل شد و شاگردی را از نو آغاز کرد. او در بابل به حالت اسارت زندگی می‌کرد تا اینکه به همراه داریوش اول به پارس آمد و از تخت جمشید که در حال ساخت بود دیدن کرد.

در حدود سال ۵۳۰ قبل از میلاد، از مصر بازگشت، و در زادگاه خود مکتب اخوتی (که امروزه برچسب مکتب فیثاغورث بر آن خورده‌است) را بنیان گذاشت که طرز فکر اشراقی داشت. هدف او از بنیان نهادن این مکتب این بود که بتواند مطالب عالی ریاضیات و مطالبی را تحت عنوان نظریه‌های فیزیکی و اخلاقی تدریس کند و پیشرفت دهد.

شیوهٔ تفکر این مکتب با سنت قدیمی دموکراسی، که در آن زمان بر ساموس حاکم بود، متضاد بود؛ و چون این مشرب فلسفی به مذاق مردم ساموس خوش نیامد، فیثاغورث به ناچار، زادگاهش را ترک گفت و به سمت شبه جزیره آپتین (از سرزمین‌های وابسته به یونان) رفت و در کراتون مقیم شد.

گفته می‌شود که او با یک زن فلسفه‌دان به اسم "تیانو" که از طرفدارانش بود ازدواج می‌کند. آن‌ها صاحب ۱ پسر به اسم "تلاگوس" و ۳ دختر به اسم " دامو "، "اریگ نته"، و"ماییاً می‌شوند. به روایتی اولین کسی که کشف کرد موسیقی می‌تواند با زبان ریاضی بیان شود، فیثاغورث بود. نقل است در شهر گذر می‌کرده که صدای چکش زدن آهنگری توجه‌اش را جلب می‌کند. نزدیک آهنگر می‌رود و مشاهده می‌کند که هر چکش یک صدای خاص و یکنواخت خود را دارد. او فرمول صدای آن‌ها را به ریاضی پیدا کرده و می‌نویسد. به قولی برای اولین بار موسیقی نوشته می‌شود. البته این روایت تکذیب می‌شود چرا که فرمول ابداعی فیثاغورث برای سازهای سیمی نوشته شده، نه سازهای کوبه‌ای، آنچه به نظر قطعی می‌آید این است که فیثاغورث توانسته بود به فرمولی ریاضی برای نوشتن موسیقی دست یابد.

او اولین کسی بود که در بیش از ۵۰۰ سال پیش از میلاد مسیح، گرد بودن زمین را مطرح نمود و بیان کرد که زمین دارای دو قطب شمال و جنوب بوده و به دور خورشید می‌گردد.

فیثاغورث دانشمند و ریاضیدان یونان باستان، با تحقیق بر روی مثلث قائم الزاویه به این نتیجه رسید که همواره مساحت مربعی که با وتر یک مثلث قائم الزاویه ساخته می‌شود برابر است با مجموع مساحت دو مربعی که با اضلاع زاویه قائم ساخته می‌شود و این قانون بعدها به عنوان رابطهٔ فیثاغورث نامیده شد. در هر مثلث قائم الزاویه، مجذور وتر برابر است با مجموع مجذور دو ضلع زاویهٔ قائمه.

پروکلس لیکایوس دربارهٔ فیثاغورث می‌گوید:

فیثاغورث این علم (علم ریاضیات) را به شکل آزاد آموزشی، امتحان کردن قواعد آن از آغاز و جستجوی قضایا به روشی غیر مادی و ذهنی تغییر داد. او نظریه متناسب‌ها و ساخت اشکال کیهانی را کشف کرد.

همچنین برتراند راسل دربارهٔ فیثاغورس می‌نویسد:

هیچ‌کس را نمی‌شناسم که در عالم اندیشه به اندازهٔ فیثاغورث تأثیرگذار بوده باشد.