یکی از کاربردهای اصلی سلول‌های بنیادی، استفاده از آن‌ها در تولید ارگان‌ها و یا شبه ارگان‌هاست.
مبحث سلول‌های بنیادی در دنیا و نسبت به سال‌های گذشته از کاربردهای وسیعی برخوردار شده و در حال حاضر یکی از کاربردهای اصلی سلول‌های بنیادی، می‌تواند استفاده از آن‌ها در تولید ارگان‌ها یا شبه ارگان‌ها باشد.
در واقع ارگانوئیدها علم جدیدی را در پزشکی پایه‌گذاری کرده‌اند؛ به این صورت که می‌توانند به عنوان مدل برای بسیاری از بیماری‌ها استفاده شوند، مکانیسم بیماری‌ها را شناسایی کنند و در واقع به عنوان اندام استفاده شوند.
برای اینکه بتوانیم داروهای مختلف و یا روش‌های درمانی جدیدی را در ارگانوئیدها بررسی کنیم باید پتانسیل بالایی در زمینه پزشکی ایجاد کنیم تا بتوان مکانیسم بسیاری از بیماری‌هایی که ناشناخته هستند و یا درمان‌های جدیدی برای آن‌ها وجود ندارد را بر روی مدل‌های ارگانوئیدها تست و روش‌های جدیدی را کشف کنیم.
می‌توان بیماری لوسمی را نام برد که باترانسپلنت کردن می‌توانند از سلول‌های بنیادی استفاده کنند.